С момента создания до 03.06.2010 попечительский совет МЦНМО бессменно возглавлял Владимир Игоревич Арнольд.

• Музыкантский Александр Ильич, председатель Попечительского совета МЦНМО, профессор, заведующий кафедрой МГУ им. М.В.Ломоносова
• Васильев Виктор Анатольевич, академик РАН, главный научный сотрудник Математического института имени В.А.Стеклова РАН
• Гусейн-Заде Сабир Меджидович, заместитель председателя Попечительского совета МЦНМО, доктор физико-математических наук, профессор МГУ
• Ильяшенко Юлий Сергеевич, ректор Независимого Московского университета, доктор физико-математических наук, профессор МГУ
• Козлов Валерий Васильевич, академик РАН, вице-президент Российской Академии Наук, академик-секретарь Отделения математических наук Российской Академии Наук
• Константинов Николай Николаевич, председатель Координационного совета Независимого Московского университета
• Ландо Сергей Константинович, доктор физико-математических наук, профессор Независимого Московского университета и факультета математики ГУ-ВШЭ
• Новиков Сергей Петрович, академик РАН, зав. отделом Математического института имени В.А.Стеклова РАН
• Подольский Владимир Евгеньевич, доктор физико-математических наук, проректор МГУ им. М.В.Ломоносова
• Рудаков Алексей Николаевич, доктор физико-математических наук, профессор Независимого Московского университета и факультета математики ГУ-ВШЭ
• Синай Яков Григорьевич, академик РАН
• Сосинский Алексей Брониславович, профессор Независимого Московского университета
• Тихомиров Владимир Михайлович, доктор физико-математических наук, профессор МГУ
• Фейгин Борис Львович, доктор физико-математических наук, профессор Независимого Московского университета и факультета математики ГУ-ВШЭ
• Хованский Аскольд Георгиевич, доктор физико-математических наук, профессор Независимого Московского университета.